{"id":17842,"date":"2021-08-06T13:11:23","date_gmt":"2021-08-06T13:11:23","guid":{"rendered":"https:\/\/www.africa-press.net\/burkina-faso\/?p=17842"},"modified":"2021-08-06T13:08:22","modified_gmt":"2021-08-06T13:08:22","slug":"covid-variant-delta-les-mutations-qui-le-rendent-plus-contagieux-et-plus-inquietant","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.africa-press.net\/burkina-faso\/toutes-les-actualites\/covid-variant-delta-les-mutations-qui-le-rendent-plus-contagieux-et-plus-inquietant","title":{"rendered":"Covid variant Delta : les mutations qui le rendent plus contagieux et plus inqui\u00e9tant"},"content":{"rendered":"

Africa-Press<\/a> – Burkina Faso<\/a>. <\/strong><\/span> Le variant delta du coronavirus a \u00e9t\u00e9 d\u00e9tect\u00e9 en Inde en octobre 2020 et touche \u00e0 ce jour au moins 96 pays.<\/b><\/p>\n

Dans certains de ces pays, il est devenu le variant dominant, comme dans le cas de Singapour, du Royaume-Uni et du Portugal.<\/p>\n

Les donn\u00e9es pr\u00e9liminaires montrent qu’il est plus transmissible que les autres variants, qu’il comporte un risque plus \u00e9lev\u00e9 d’hospitalisation et de r\u00e9infection et qu’il g\u00e9n\u00e8re un tableau de sympt\u00f4mes l\u00e9g\u00e8rement diff\u00e9rent (plus de maux de t\u00eate et moins de toux, par exemple).<\/p>\n

On estime que le variant delta est 30 \u00e0 60 % plus transmissible que les autres variants du coronavirus.<\/p>\n

Au Royaume-Uni, il est d\u00e9j\u00e0 devenu dominant et repr\u00e9sente 90 % des nouveaux cas.<\/p>\n

Ce variant a suscit\u00e9 des inqui\u00e9tudes quant \u00e0 la possibilit\u00e9 d’\u00e9chapper \u00e0 la protection vaccinale, mais cette hypoth\u00e8se n’a pas \u00e9t\u00e9 confirm\u00e9e.<\/p>\n

En d’autres termes, les \u00e9tudes men\u00e9es jusqu’\u00e0 pr\u00e9sent montrent que les vaccins restent efficaces contre le delta.<\/p>\n

Au Br\u00e9sil, la ville de S\u00e3o Paulo a d\u00e9j\u00e0 admis que le delta se r\u00e9pand dans la ville, mais on ne sait pas dans quelle mesure ni s’il deviendra dominant.<\/p>\n

Mais qu’est-ce qui rend ce variant delta plus inqui\u00e9tant ?<\/p>\n

D’une mani\u00e8re g\u00e9n\u00e9rale, il s’agit d’un ensemble d'\u00a0\u00bbam\u00e9liorations\u00a0\u00bb g\u00e9n\u00e9tiques qui facilitent la propagation et l’invasion du corps humain.<\/p>\n

Mais nous ne devons pas ignorer les questions environnementales en jeu, c’est-\u00e0-dire la fa\u00e7on dont le comportement de la soci\u00e9t\u00e9 sans mesures de contr\u00f4le et de pr\u00e9vention influence \u00e9galement la transmission de ces variants.<\/p>\n

Mutations \u00ab\u00a0avantageuses\u00a0\u00bb pour le coronavirus<\/b><\/p>\n

Le Sars-CoV-2, le coronavirus qui cause la maladie de covid-19, n’est pas aussi capable de muter que le virus de la grippe, par exemple.<\/p>\n

Mais lorsque de nouveaux variants apparaissent, ils doivent pr\u00e9senter des caract\u00e9ristiques \u00ab\u00a0avantageuses\u00a0\u00bb qui les rendent viables dans un environnement o\u00f9 la concurrence et la s\u00e9lection sont telles qu’ils peuvent envahir le corps humain.<\/p>\n

Lors d’une pr\u00e9sentation du variant delta au gouvernement sud-africain, le bioinformaticien Tulio de Oliveira, directeur du laboratoire Krisp de l’universit\u00e9 de KwaZulu-Natal, en Afrique du Sud, a \u00e9num\u00e9r\u00e9 les principales caract\u00e9ristiques du variant delta.<\/p>\n

Elle est plus transmissible et plus susceptible de r\u00e9infecter les personnes qui ont d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 malades avec d’autres souches, mais on ne sait pas encore clairement si la souche delta provoque une maladie plus grave ou si elle \u00e9chappe \u00e0 la protection offerte par les vaccins.<\/p>\n

Oliveira \u00e9num\u00e8re \u00e9galement trois groupes de mutations pertinentes du variant delta :<\/p>\n

Deux substitutions dans le domaine de liaison des r\u00e9cepteurs cellulaires (L452R et T478K).<\/p>\n

substitution pr\u00e8s du site de clivage S1 \/ S2 par la furine (P681R)<\/p>\n

substitution (T19R) et d\u00e9l\u00e9tion (157-158del) dans le domaine antig\u00e9nique NTD.<\/p>\n

Mais que repr\u00e9sente tout cela ? Voyons chacun d’entre eux.<\/p>\n

1.Invasion cellulaire plus efficace
\n<\/b><\/p>\n

Une part importante de ces changements \u00ab\u00a0avantageux\u00a0\u00bb s’est produite dans la mani\u00e8re dont le virus se connecte \u00e0 nos cellules.<\/p>\n

Plus pr\u00e9cis\u00e9ment, le lien entre la pointe virale (\u00e9galement connue sous le nom de prot\u00e9ine S) et le r\u00e9cepteur ACE2, une enzyme pr\u00e9sente \u00e0 la surface de nos cellules.<\/p>\n

Ce pic agit comme s’il \u00e9tait la cl\u00e9 qui ouvre la serrure de notre cellule et permet au coronavirus de l’envahir.<\/p>\n

Une fois \u00e0 l’int\u00e9rieur, il utilise la structure cellulaire pour se multiplier.<\/p>\n

Dans le cas du variant delta, il existe deux mutations pertinentes dans l’\u00e9pi, connues sous les codes L452R et T478K.<\/p>\n

Mais que signifient ces chiffres et ces lettres ? La premi\u00e8re lettre est le type d’acide amin\u00e9 qui existait avant le changement (L, symbole de la lysine), le chiffre correspond \u00e0 l’emplacement (452e sur 1273 acides amin\u00e9s) et la derni\u00e8re lettre est l’acide amin\u00e9 qui est venu \u00e0 sa place (R, symbole de l’arginine).<\/p>\n

En termes g\u00e9n\u00e9raux, un virus est un acide nucl\u00e9ique (ADN ou ARN) entour\u00e9 d’ensembles d’acides amin\u00e9s (prot\u00e9ines).<\/p>\n

L’enveloppe ext\u00e9rieure sert \u00e0 se fixer \u00e0 la cellule humaine et \u00e0 l’envahir, par exemple, et l’enveloppe int\u00e9rieure sert de manuel d’instructions \u00e0 utiliser pour produire de nouveaux virus \u00e0 l’int\u00e9rieur de la cellule envahie.<\/p>\n

Au cours de ce processus de production du virus, les acides amin\u00e9s environnants peuvent subir trois types de mutation : la suppression (d\u00e9l\u00e9tion), l’insertion (insertion) ou le changement (substitution).<\/p>\n

Ces mutations ne se produisent pas pour une raison pr\u00e9cise et sont souvent perdues en cours de route.<\/p>\n

Mais certains d’entre eux s’\u00e9tablissent et commencent \u00e0 appara\u00eetre d\u00e8s la r\u00e9plication du virus.<\/p>\n

C’est le cas pour deux mutations cl\u00e9s du delta : L452R et T478K.<\/p>\n

Le changement de L \u00e0 R en position 452 et le changement de T \u00e0 K en position 478 se sont av\u00e9r\u00e9s \u00ab\u00a0avantageux\u00a0\u00bb pour le virus car ils ont permis \u00e0 l’envahisseur de mieux se fixer \u00e0 la porte d’entr\u00e9e (l’enzyme ACE2).<\/p>\n

Cela explique pourquoi ce variant est devenu plus transmissible.<\/p>\n

Outre une invasion plus efficace, il existe une tendance selon laquelle plus les virus qui envahissent les cellules sont nombreux, plus ils se r\u00e9pliquent, ce qui augmente la charge virale.<\/p>\n

Par cons\u00e9quent, davantage de virus seront transmis par la toux ou les \u00e9ternuements, par exemple.<\/p>\n

Une \u00e9tude men\u00e9e par des chercheurs des Centres de contr\u00f4le et de pr\u00e9vention des maladies de Chine a r\u00e9v\u00e9l\u00e9 qu’une personne infect\u00e9e par le variant delta peut avoir jusqu’\u00e0 1 000 fois plus de virus dans son organisme qu’une personne infect\u00e9e par les premi\u00e8res versions du coronavirus au d\u00e9but de la pand\u00e9mie, fin 2019.<\/p>\n

Cette charge virale plus \u00e9lev\u00e9e peut \u00e9galement \u00eatre associ\u00e9e \u00e0 une plus grande gravit\u00e9 de la maladie, car le variant tend \u00e0 affecter davantage de cellules respiratoires humaines.<\/p>\n

2. Activation plus efficace et th\u00e9orie de la cr\u00e9ation de coronavirus en laboratoire.<\/b><\/p>\n

Pour envahir la cellule humaine, il ne suffit pas qu’un virus trouve une porte d’entr\u00e9e et s’y attache : il doit d’abord \u00eatre activ\u00e9.<\/p>\n

Dans le cas du Sars-CoV-2, cette activation se fait par l’interm\u00e9diaire d’une enzyme du corps humain (appel\u00e9e furine) qui coupe la pointe du coronavirus en deux : S1 et S2.<\/p>\n

Apr\u00e8s cette coupure, appel\u00e9e clivage, une partie de l’\u00e9pi (S1) s’attache \u00e0 la cellule humaine et l’autre (S2) fusionne sa membrane avec celle de la cellule humaine, permettant l’insertion de mat\u00e9riel g\u00e9n\u00e9tique et initiant la production de plus de virus.<\/p>\n

En coupant l’\u00e9pi, l’enzyme le fait s’ouvrir et r\u00e9v\u00e8le des s\u00e9quences g\u00e9n\u00e9tiques cach\u00e9es qui l’aident \u00e0 se lier plus \u00e9troitement aux cellules des voies respiratoires humaines, par exemple.<\/p>\n

Une mutation pr\u00e8s de cet emplacement peut encore modifier ce comportement.<\/p>\n

C’est le cas du variant delta, qui porte une mutation (P681R) dans cette r\u00e9gion.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Plus l’homme est sensible \u00e0 la furine, plus le pic du virus sera efficace. Ce processus de fusion activ\u00e9 par la furine est m\u00e9di\u00e9 par la zone allant de la position d’acide amin\u00e9 618 \u00e0 la position d’acide amin\u00e9 1273\u00a0\u00bb, explique le virologue Jos\u00e9 Eduardo Levi, coordinateur de la recherche et du d\u00e9veloppement du r\u00e9seau de laboratoires Dasa et chercheur \u00e0 l’Institut de m\u00e9decine tropicale de l’Universit\u00e9 de S\u00e3o Paulo (USP).<\/p>\n

\u00ab\u00a0Une mutation dans cette r\u00e9gion, telle que P681R, rend cette fusion plus rapide. Cette mutation appara\u00eet dans les variants delta et alpha, d\u00e9couvertes au Royaume-Uni, et dans certains cas dans le variant gamma, d\u00e9couverte au Br\u00e9sil\u00a0\u00bb, ajoute-t-il.<\/p>\n

Les mutations dans cette r\u00e9gion du coronavirus sont si importantes qu’elles sont au c\u0153ur de deux points centraux de la pand\u00e9mie.<\/p>\n

Tout d’abord, cette affinit\u00e9 pour la furine humaine aurait \u00e9t\u00e9 cruciale pour permettre au virus de sortir des autres esp\u00e8ces animales et de commencer \u00e0 infecter les humains fin 2019.<\/p>\n

Deuxi\u00e8mement, ce m\u00e9canisme est tellement efficace et atypique parmi les types de coronavirus qui infectent l’homme qu’il est devenu le principal argument de ceux qui affirment sans preuve que le Sars-CoV-2 a \u00e9t\u00e9 g\u00e9n\u00e9r\u00e9 ou modifi\u00e9 en laboratoire.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Tous les coronavirus qui infectent les humains ont un certain domaine, une zone sp\u00e9cifique qui reconna\u00eet la furine\u00a0\u00bb, explique Levi.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Mais le Sars-CoV-2 est tr\u00e8s humanis\u00e9. En d’autres termes, c’est beaucoup plus efficace que ce qui a \u00e9t\u00e9 observ\u00e9 chez d’autres coronavirus, qui ont une reconnaissance raisonnable de la furine.\u00a0\u00bb<\/p>\n

\u00ab\u00a0Et seul le Sars-CoV-2 a cette mutation, cette insertion de quatre acides amin\u00e9s. C’est l’argument le plus fort pour dire que ce coronavirus a \u00e9t\u00e9 cr\u00e9\u00e9 en laboratoire.\u00a0\u00bb<\/p>\n

\u00ab\u00a0Parce que jusqu’\u00e0 pr\u00e9sent, aucun coronavirus interm\u00e9diaire n’a \u00e9t\u00e9 trouv\u00e9, ce qui indique qu’il a \u00e9t\u00e9 am\u00e9lior\u00e9 progressivement. Il est arriv\u00e9 pr\u00eat \u00e0 \u00eatre segment\u00e9 par la furine humaine\u00a0\u00bb, ajoute le scientifique.<\/p>\n

Selon l’expert, l’absence de cette s\u00e9quence de quatre acides amin\u00e9s dans le coronavirus Sars-CoV peut expliquer pourquoi il a provoqu\u00e9 une \u00e9pid\u00e9mie de Sars limit\u00e9e \u00e0 l’Asie en 2003, qui n’est pas devenue une pand\u00e9mie qui s’est propag\u00e9e dans le monde entier comme le Sars-CoV-2.<\/p>\n

3. \u00c9chapper partiellement aux anticorps et aux vaccins<\/b><\/p>\n

Fernando Spilki, professeur \u00e0 l’universit\u00e9 Feevale et coordinateur du r\u00e9seau Corona-\u00d4mica au minist\u00e8re br\u00e9silien des sciences, de la technologie et de l’innovation, utilise l’analogie des pi\u00e8ces de Lego pour expliquer le r\u00f4le des mutations dans l’\u00e9chappement \u00e9ventuel des variantes du syst\u00e8me immunitaire et des vaccins.<\/p>\n

Pour apprendre \u00e0 se d\u00e9fendre, les cellules de d\u00e9fense, comme les anticorps neutralisants, utilisent des parties des envahisseurs pour apprendre \u00e0 les identifier et \u00e0 les combattre.<\/p>\n

Lorsque des mutations se produisent dans le coronavirus, par exemple, c’est comme si les parties des anticorps ne s’accordaient plus avec celles de l’envahisseur, ce qui lui permet de s’\u00e9chapper plus facilement.<\/p>\n

Par cons\u00e9quent, le virus peut en m\u00eame temps muter pour se fixer plus efficacement \u00e0 la porte d’entr\u00e9e de la cellule et \u00e9chapper partiellement \u00e0 l’engagement des anticorps neutralisants.<\/p>\n

Pour Spilki, \u00ab\u00a0c’est comme si le virus avait cr\u00e9\u00e9 des voies pour \u00e9chapper au syst\u00e8me immunitaire et d\u00e9velopp\u00e9 des moyens de transmission plus efficaces.\u00a0\u00bb<\/p>\n

Il explique que tous ces changements ont \u00e9t\u00e9 \u00ab\u00a0pr\u00e9dits\u00a0\u00bb dans des exp\u00e9riences de laboratoire, qui sont capables d’analyser l’influence de chaque \u00e9change, insertion ou suppression de ces petits morceaux sur le comportement du coronavirus.<\/p>\n

Dans le cas du variant delta, les mutations qui lui sont li\u00e9es sont la substitution T19R et la d\u00e9l\u00e9tion 157-158del.<\/p>\n

Pour revenir \u00e0 l’analogie des pi\u00e8ces de Lego, la substitution de l’acide amin\u00e9 T (thr\u00e9onine) par R (arginine) en position 19 rend difficile l’identification de l’envahisseur par le syst\u00e8me de d\u00e9fense de l’organisme et sa lutte.<\/p>\n

Il en va de m\u00eame pour les acides amin\u00e9s \u00ab\u00a0manquants\u00a0\u00bb aux positions 157 et 158.<\/p>\n

En g\u00e9n\u00e9ral, les prot\u00e9ines ont deux extr\u00e9mit\u00e9s, l’une appel\u00e9e N-terminale et l’autre C-terminale.<\/p>\n

Dans le cas des coronavirus, la r\u00e9gion N-terminale (NTD) est consid\u00e9r\u00e9e comme plus antig\u00e9nique ou immunog\u00e8ne.<\/p>\n

En d’autres termes, le syst\u00e8me de d\u00e9fense humain le \u00ab\u00a0d\u00e9tecte\u00a0\u00bb mieux et produit davantage d’anticorps contre lui.<\/p>\n

La pointe (prot\u00e9ine S) est la plus antig\u00e9nique d’entre elles, de sorte que des vaccins sont g\u00e9n\u00e9ralement produits en ciblant cette structure pour apprendre au syst\u00e8me de d\u00e9fense de l’organisme \u00e0 l’identifier afin de combattre le coronavirus dans son ensemble.<\/p>\n

C’est l\u00e0 que la mutation intervient comme moyen d’entraver la lutte contre le coronavirus.<\/p>\n

Les modifications (d\u00e9l\u00e9tions et substitutions) de la structure du variant delta dans une zone antig\u00e9nique (DTN) rendent difficile l’action du syst\u00e8me de d\u00e9fense de l’organisme.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Pourquoi diable commencerait-elle \u00e0 supprimer des parties de son g\u00e9nome ? Il doit avoir une raison puissante pour \u00e7a. Quoi ? La r\u00e9ponse immunitaire humaine, qu’elle soit naturelle suite \u00e0 une infection ou induite par un vaccin\u00a0\u00bb, explique M. Levi.<\/p>\n

\u00ab\u00a0En g\u00e9n\u00e9ral, la suppression est pr\u00e9judiciable, c’est-\u00e0-dire qu’elle rend le virus inefficace et finit par l’an\u00e9antir. Mais dans le cas des variants de coronavirus, ces d\u00e9l\u00e9tions sont avantageuses car elles \u00e9liminent des r\u00e9gions qui provoquent une tr\u00e8s forte r\u00e9ponse immunitaire chez l’h\u00f4te et parviennent ainsi \u00e0 \u00e9chapper (au syst\u00e8me de d\u00e9fense humain)\u00a0\u00bb, ajoute-t-il.<\/p>\n

Jusqu’\u00e0 pr\u00e9sent, il a \u00e9t\u00e9 prouv\u00e9 que le variant delta peut \u00e9chapper aux anticorps des personnes qui ont d\u00e9j\u00e0 \u00e9t\u00e9 infect\u00e9es par le variant b\u00eata (d\u00e9couvert en Afrique du Sud).<\/p>\n

Mais rien ne prouve encore qu’il soit capable d’\u00e9chapper \u00e0 la r\u00e9ponse immunitaire g\u00e9n\u00e9r\u00e9e par les vaccins.<\/p>\n

Il convient de rappeler qu’aucune de ces mutations n’est propre \u00e0 l’un ou l’autre des variants. Ce qui les rend inqui\u00e9tants, c’est leur combinaison.<\/p>\n

C’est-\u00e0-dire qu’ils poss\u00e8dent en m\u00eame temps de nouvelles caract\u00e9ristiques qui les rendent meilleurs pour envahir les cellules, plus efficaces pour s’activer et \u00e9chapper au syst\u00e8me de d\u00e9fense.<\/p>\n

Selon Levi, le contexte de plusieurs variants ayant des mutations al\u00e9atoires qui sont relativement similaires est appel\u00e9 convergence \u00e9volutive.<\/p>\n

En effet, entre autres raisons, la pression \u00e9volutive de la s\u00e9lection naturelle contre les formes les plus diverses de coronavirus dans le monde est pratiquement la m\u00eame : les gens acqui\u00e8rent une immunit\u00e9, soit gr\u00e2ce au vaccin, soit parce qu’ils ont \u00e9t\u00e9 infect\u00e9s par le virus.<\/p>\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"

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