Africa-Press – Congo Brazzaville. Une douleur exquise dans un flanc, fulgurante et irradiante dans le dos et vers le bas-ventre. Les crises de coliques néphrétiques sont causées par la présence de calculs, des agrégats de cristaux, dans le rein qui peuvent bloquer partiellement ou totalement l’écoulement de l’urine vers la vessie. Pendant des décennies, les calculs rénaux ont été décrits comme le produit d’un déséquilibre chimique, plus ou moins induit par une hydratation insuffisante. Mais une nouvelle étude ébranle ce consensus en invoquant, pour la première fois, le rôle des bactéries.
80% de calculs d’oxalate de calcium
Les calculs rénaux sont des agrégats de cristaux qui se forment lorsque certaines substances présentes dans l’urine atteignent des concentrations suffisantes pour précipiter. Près de 80 % d’entre eux sont constitués d’oxalate de calcium, présent dans de nombreuses sources alimentaires comme le chocolat, le café (en grains), le thé,les fruits secs ou certains légumes feuilles notamment les épinards. Contrairement à un type rare de calculs infectieux déjà connu pour héberger des bactéries, ces calculs calciques étaient jusqu’à présent considérés comme strictement abiotiques.
Mais, en analysant des calculs d’oxalate de calcium à l’aide de microscopies électronique et de fluorescence, il a été mis en évidence la présence de bactéries vivantes, organisées en couches et en biofilms, intimement mêlées aux cristaux minéraux. « Ce résultat remet en cause l’idée selon laquelle ces calculs se formeraient uniquement par des processus chimiques et physiques », explique Kymora Scotland, professeure adjointe d’urologie à la David Geffen School of Medicine et co-autrice de l’étude, publiée dans les PNAS. « Nos données étayent l’hypothèse selon laquelle les bactéries favorisent la croissance et la stabilisation du calcul une fois sa formation commencée ».
Un rôle actif
Dans un article complémentaire, à paraître dans une autre revue, la même équipe indique que les bactéries jouent également un rôle dans la nucléation cristalline, c’est-à-dire à la première étape de la formation du calcul. Autrement dit, les calculs ne se forment pas seulement par assemblage passif de cristaux mais ils constituent un environnement structuré où les bactéries participent à leur édification et à leur consolidation. Cette interaction intime entre le vivant et le minéral pourrait expliquer en partie pourquoi les calculs d’oxalate de calcium sont si répandus. Elle suggère aussi que leur résistance aux traitements et leur tendance à récidiver ne relèvent pas uniquement de la chimie urinaire ou de l’alimentation.
Une piste thérapeutique
L’étude explique aussi pourquoi certains patients présentent des infections urinaires à répétition et des récidives de calculs. Protégées par la structure minérale et les biofilms, ces bactéries pourraient échapper aux antibiotiques, persister dans le temps, puis recoloniser les voies urinaires. « Dans ma pratique clinique, j’observe une concordance frappante entre les bactéries retrouvées dans les calculs et celles responsables des infections urinaires chez les mêmes patients », souligne l’urologue.
L’équipe travaille désormais à démontrer expérimentalement ce lien de causalité. Des études en cours visent à comprendre pourquoi certains patients sont particulièrement sujets aux récidives et ce qui permet à certaines espèces bactériennes de favoriser la nucléation ou la croissance des cristaux. Au-delà du constat, ces résultats ouvrent des perspectives cliniques concrètes. « Notre équipe travaille actuellement sur des approches non antibiotiques pour le traitement des calculs rénaux », indique Kymora Scotland. Une telle piste pourrait transformer la prise en charge d’une pathologie qui touche aujourd’hui environ une personne sur onze au cours de sa vie.
