{"id":136693,"date":"2026-02-27T17:14:35","date_gmt":"2026-02-27T17:14:35","guid":{"rendered":"https:\/\/www.africa-press.net\/congo-kinshasa\/politique\/antibioresistance-un-virus-cree-pour-lexploiter"},"modified":"2026-02-27T17:33:09","modified_gmt":"2026-02-27T17:33:09","slug":"antibioresistance-un-virus-cree-pour-lexploiter","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.africa-press.net\/congo-kinshasa\/toutes-les-actualites\/antibioresistance-un-virus-cree-pour-lexploiter","title":{"rendered":"Antibiore\u0301sistance: Un Virus Cre\u0301e\u0301 Pour L’Exploiter"},"content":{"rendered":"

Africa-Press – Congo Kinshasa. <\/strong> <\/span>Synthe\u0301tiser un e\u0302tre vivant a\u0300 partir de ze\u0301ro, voici l\u2019ambition de la biologie synthe\u0301tique. Un domaine scientifique qui avance rapidement, et qui montre de\u0301ja\u0300 des re\u0301sultats concrets. C\u2019est notamment le cas des virus, les e\u0302tres les plus simples (au point qu\u2019il n\u2019y a pas encore de consensus sur leur statut d\u2019e\u0302tre vivant), et donc les plus faciles a\u0300 fabriquer. L\u2019exemple le plus re\u0301cent a e\u0301te\u0301 pre\u0301sente\u0301 le 23 janvier 2026 dans la revue PNAS, par des chercheurs du New England Biolabs et de l\u2019Universite\u0301 de Yale, aux E\u0301tats-Unis, gra\u0302ce a\u0300 une me\u0301thode novatrice.<\/p>\n

Ce bacte\u0301riophage viendrait renforcer notre arsenal contre les bacte\u0301ries re\u0301sistantes aux antibiotiques. Pour mieux comprendre leur me\u0301thode et les utilisations potentielles de ce virus synthe\u0301tique, Sciences et Avenir a discute\u0301 avec les deux directeurs de l\u2019e\u0301tude, le biochimiste Greg Lohman du New England Biolabs et le virologue Paul Turner de l\u2019Universite\u0301 de Yale.<\/p>\n

Sciences et Avenir: D\u2019autres laboratoires avaient tente\u0301 de fabriquer des bacte\u0301riophages, mais aucun n\u2019avait re\u0301ussi a\u0300 construire un entie\u0300rement synthe\u0301tique. Pouvez-vous nous expliquer comment votre me\u0301thode a permis cet exploit?<\/b>
\nGreg Lohman: <\/b>Notre approche est assez flexible et rapide par rapport aux me\u0301thodes existantes. En utilisant le Golden Gate Assembly, vous pouvez concevoir de manie\u0300re fiable des assemblages de dizaines de fragments d’ADN a\u0300 la fois. Vous pouvez couper le ge\u0301nome d\u2019un phage, qui fait entre 20.000 et 60.000 paires de bases, en 12 ou 24 fragments. Cela les re\u0301duit a\u0300 une taille suffisamment petite pour e\u0302tre synthe\u0301tise\u0301s directement a\u0300 l’aide de me\u0301thodes simples, pouvant e\u0302tre commande\u0301s chez un fournisseur.<\/p>\n

Les fragments sont suffisamment courts pour e\u0302tre facilement clone\u0301s dans la bacte\u0301rie Escherichia coli, qui recopie des fragments d’ADN en grande quantite\u0301 avec une tre\u0300s grande fide\u0301lite\u0301. Ensuite, a\u0300 partir de ces se\u0301quences clone\u0301es, vous pouvez assembler le phage entier en une seule re\u0301action qui prend environ une journe\u0301e et ne ne\u0301cessite pas d’ho\u0302te spe\u0301cialise\u0301.<\/p>\n

Une autre difficulte\u0301 de faire cela e\u0301tait que les ge\u0301nomes des bacte\u0301riophages contiennent de nombreuses sections hautement toxiques pour E. coli. On devait donc recourir a\u0300 des me\u0301thodes alternatives, telles que la synthe\u0300se par PCR, qui pre\u0301sentent des taux d’erreur ale\u0301atoires beaucoup plus e\u0301leve\u0301s. Mais aujourd’hui, les morceaux sont suffisamment petits pour que vous puissiez les concevoir de manie\u0300re a\u0300 ce qu’ils ne soient pas toxiques pour E. coli. Par exemple, en retirant les ge\u0300nes toxiques afin qu’ils ne puissent pas produire de prote\u0301ines toxiques.<\/p>\n

Le processus est extre\u0302mement pre\u0301cis et commet au maximum une seule erreur sur l’ensemble du ge\u0301nome. Il est e\u0301galement tre\u0300s flexible: les fragments sont suffisamment petits pour e\u0302tre manipule\u0301s a\u0300 l’aide de me\u0301thodes de biologie mole\u0301culaire tre\u0300s classiques, ce qui permet d’apporter plusieurs modifications a\u0300 diffe\u0301rents endroits du ge\u0301nome en me\u0302me temps. Nous avons e\u0301galement de\u0301montre\u0301 que nous pouvions inte\u0301grer du mate\u0301riel ge\u0301ne\u0301tique supple\u0301mentaire, par exemple pour ajouter un marqueur fluorescent.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Cet outil de biologie synthe\u0301tique ouvre de nombreuses possibilite\u0301s\u00a0\u00bb<\/b>
\nQu’est-ce qui pourrait e\u0302tre utile d’ajouter a\u0300 un phage pour le rendre plus fonctionnel?<\/b>
\nPaul Turner: <\/b>Le ve\u0301ritable avantage de cette technique est qu’elle ouvre de nouvelles perspectives dans le domaine de la biotechnologie. Me\u0302me l’introduction de modestes marqueurs fluorescents serait utile pour le diagnostic et la surveillance. Si vous disposez de phages marque\u0301s, vous pouvez plus facilement les de\u0301tecter lorsqu’ils atteignent leurs cibles. Et si ces cibles se trouvent dans un organisme vivant, tel qu’un e\u0302tre humain, vous disposez de la technologie ade\u0301quate pour les de\u0301tecter. Ou bien, pour de\u0301tecter une e\u0301ventuelle contamination, par exemple, du bioterrorisme dans un cours d’eau utilise\u0301 pour la consommation humaine. Dans ce cas, vous be\u0301ne\u0301ficieriez d’un moyen tre\u0300s rapide d’utiliser le phage marque\u0301 pour de\u0301terminer rapidement et en temps re\u0301el la pre\u0301sence d’une bacte\u0301rie. Le fait est que cet outil de biologie synthe\u0301tique ouvre de nombreuses possibilite\u0301s pour diffe\u0301rents types de phages.<\/p>\n

Pour en revenir a\u0300 cette me\u0301thode, a-t-elle de\u0301ja\u0300 e\u0301te\u0301 utilise\u0301e pour d’autres types de virus, par exemple, ou pour d’autres applications de la biologie synthe\u0301tique?<\/b>
\nGreg Lohman: <\/b>Golden Gate est une technique tre\u0300s utilise\u0301e en biologie synthe\u0301tique pour de nombreuses applications diffe\u0301rentes. La principale innovation re\u0301alise\u0301e par mon laboratoire vers 2018 a e\u0301te\u0301 de de\u0301finir de nouvelles re\u0300gles de conception permettant une plus grande flexibilite\u0301 et complexite\u0301. Les applications les plus courantes de Golden Gate utilisent ce qu’on appelle des standards, que l’on peut comparer a\u0300 des Legos: vous disposez d’un ensemble de connexions standardise\u0301es que vous utilisez a\u0300 l’infini. Gra\u0302ce a\u0300 des re\u0300gles de conception plus flexibles, vous pouvez non seulement utiliser davantage de pie\u0300ces, mais aussi placer les connexions ou\u0300 vous le souhaitez dans votre syste\u0300me actuel. Vous trouvez les meilleures connexions a\u0300 utiliser, peu importe le syste\u0300me.<\/p>\n

Paul Turner: <\/b>La capacite\u0301 de cette technologie a\u0300 assembler des e\u0301le\u0301ments, c’est l’objectif de la biologie synthe\u0301tique. Nous observons des virus naturels qui semblent e\u0302tre des combinaisons de diffe\u0301rents virus. Ce serait formidable de parvenir a\u0300 cette modularite\u0301 dans les phages, ou\u0300 les e\u0301le\u0301ments pourraient e\u0302tre en quelque sorte de\u0301place\u0301s dans l’espace ge\u0301ne\u0301tique et ge\u0301notypique et fonctionner re\u0301ellement lorsqu’ils sont assemble\u0301s. Les types d’outils et les approches sur lesquels Greg travaille ici sont donc extre\u0302mement importants pour y parvenir.<\/p>\n

Greg Lohman: <\/b>Il est e\u0301galement possible de modifier la gamme d’ho\u0302tes d’un phage. Dans l’article, nous avons proce\u0301de\u0301 a\u0300 quelques e\u0301changes des fibres utilise\u0301es par les phages pour reconnai\u0302tre leur cible. En les modifiant, nous pouvons changer la gamme d’ho\u0302tes du phage. Il est alors possible de cre\u0301er un phage capable de couvrir un plus large e\u0301ventail de souches bacte\u0301riennes cible\u0301es.<\/p>\n

Paul Turner: <\/b>Nous savons que certains phages sont naturellement un peu comme des couteaux suisses. Leurs fibres diffe\u0300rent les unes des autres, probablement parce que le phage unique est capable d’interagir avec diffe\u0301rentes cibles de liaison. Ce type de technologie pourrait, en principe, cre\u0301er des phages qui ressemblent davantage a\u0300 ceux qui existent dans la nature et qui sont un peu comme ces couteaux suisses.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Un certain nombre de de\u0301fis techniques a\u0300 surmonter\u00a0\u00bb<\/b>
\nComment pouvons-nous e\u0302tre su\u0302rs que le phage ne va pas e\u0301voluer et essayer d’attaquer les bacte\u0301ries de notre microbiome?<\/b>
\nPaul Turner: <\/b>On me pose souvent cette question. Votre microbiome regorge de\u0301ja\u0300 de phages capables d’attaquer ces bacte\u0301ries. Il est peu probable que les phages ge\u0301ne\u0301tiquement modifie\u0301s qui ciblent une espe\u0300ce spe\u0301cifique de bacte\u0301ries pathoge\u0300nes deviennent plus efficaces que les phages pre\u0301existants qui ont e\u0301volue\u0301 pendant des milliards d’anne\u0301es pour infecter les bacte\u0301ries du microbiome. De plus, nous utilisons de\u0301ja\u0300 des me\u0301dicaments chimiques traditionnels qui attaquent largement le microbiome. Me\u0302me les antibiotiques a\u0300 spectre e\u0301troit ont une porte\u0301e plus large que n’importe quel phage que nous pourrions cre\u0301er.<\/p>\n

Greg Lohman: <\/b>La se\u0301curite\u0301 et l’impact environnemental de tout organisme ge\u0301ne\u0301tiquement modifie\u0301 doivent e\u0302tre soigneusement pris en compte. Je ne suis ni bioe\u0301thicien ni expert en biose\u0301curite\u0301, mais c’est quelque chose que je conside\u0300re comme tre\u0300s important lorsqu’il s’agit de de\u0301ployer des choses dans le monde re\u0301el. Mais je pense qu’il faut e\u0301galement tenir compte de l’alternative, qui, dans ce cas, est la surutilisation ge\u0301ne\u0301ralise\u0301e des antibiotiques, qui a des conse\u0301quences conside\u0301rables pour le patient, mais aussi pour l’environnement et le microbiome mondial.<\/p>\n

Je pense en fait que l’utilisation de phages modifie\u0301s permet de mieux mener des e\u0301tudes de se\u0301curite\u0301 tre\u0300s rigoureuses, car vos ge\u0301nomes modifie\u0301s comporteront certains marqueurs. Vous pourriez me\u0302me ajouter des marqueurs intentionnels pour suivre votre phage et savoir, par exemple, s’il s’est introduit dans l’environnement.<\/p>\n

Paul Turner: <\/b>Le codage a\u0300 barres et les autres fonctionnalite\u0301s offertes par cette technologie facilitent grandement cette ta\u0302che.<\/p>\n

Maintenant que vous disposez de cette me\u0301thode et qu’elle fonctionne, pensez-vous qu’il soit possible de l’ame\u0301liorer?<\/b>
\nGreg Lohman: <\/b>Je suis convaincu que, pour tout agent pathoge\u0300ne, nous pouvons trouver un syste\u0300me phage que nous pouvons transformer en l’un de ces syste\u0300mes d’inge\u0301nierie. Mais il serait inte\u0301ressant de de\u0301terminer les limites de la technologie actuelle et de voir si nous pouvons les repousser. Par exemple, nous ne savons pas si nous pouvons utiliser des phages plus grands, qui peuvent avoir des ge\u0301nomes de 100 a\u0300 200 kb. Ou me\u0302me des phages encore plus grands, tels que les phages jumbo re\u0301cemment de\u0301couverts, qui atteignent la taille d’un ge\u0301nome bacte\u0301rien entier. Ces deux classes de\u0301passent actuellement ce que nous pouvons assembler avec Golden Gate. La limite supe\u0301rieure de la biologie synthe\u0301tique courante, en tout cas en biologie bacte\u0301rienne, est d’environ 100 kilobases. Il existe un certain nombre de de\u0301fis techniques a\u0300 surmonter pour que cette approche puisse e\u0302tre applique\u0301e a\u0300 la plus large gamme possible de phages.<\/p>\n

\u00ab\u00a0A mi-chemin entre le vivant et le non-vivant\u00a0\u00bb<\/b>
\nA\u0300 quoi servirait la cre\u0301ation de ces gros phages?<\/b>
\nGreg Lohman: <\/b>D\u2019abord, pour mieux les comprendre. Les gens ne savent pas grand-chose sur ces phages ge\u0301ants. Ils sont tre\u0300s e\u0301tranges, a\u0300 mi-chemin entre le vivant et le non-vivant, car ils posse\u0300dent beaucoup plus de me\u0301canismes, mais de\u0301pendent encore largement d’un ho\u0302te. Et il existe tre\u0300s peu d’outils pour travailler sur ces organismes.<\/p>\n

En ce qui concerne les phages de taille interme\u0301diaire, je pense qu’ils pourraient e\u0302tre utilise\u0301s comme outils biotechnologiques, pas ne\u0301cessairement a\u0300 des fins cliniques, mais simplement pour re\u0301soudre certains proble\u0300mes lie\u0301s a\u0300 la manipulation et a\u0300 l’assemblage de l’ADN a\u0300 cette taille. Nous pourrions les utiliser pour faciliter le de\u0301placement de l’ADN en biologie mole\u0301culaire et sa manipulation en dehors des cellules.<\/p>\n

Aussi, plus le phage est grand, plus il y a de place pour ajouter les composants souhaite\u0301s dans le ge\u0301nome, pour trouver les e\u0301le\u0301ments a\u0300 supprimer, afin de libe\u0301rer plus d’espace pour ajouter les charges ge\u0301ne\u0301tiques que vous souhaitez de\u0301livrer. La taille physique plus importante vous donne plus d’espace pour faire des choses, comme conjuguer un antibiotique au phage, ce qui pourrait permettre aux phages de transporter un antibiotique vers ce que vous voulez tuer.<\/p>\n

Enfin, presque toutes les enzymes les plus utilise\u0301es en biologie mole\u0301culaire proviennent d’interactions entre les phages et leurs ho\u0302tes, soit des virus eux-me\u0302mes, soit des me\u0301canismes de de\u0301fense bacte\u0301riens, qu’il s’agisse des enzymes de restriction ou des polyme\u0301rases que nous utilisons pour fabriquer des vaccins a\u0300 ARNm. Toutes ces de\u0301couvertes sont issues de la compre\u0301hension de la biologie des phages et de la manie\u0300re dont les cellules ho\u0302tes re\u0301agissent a\u0300 l’infection par les phages. Il est donc difficile de dire ce que nous de\u0301couvrirons gra\u0302ce a\u0300 ces outils.<\/p>\n

Paul Turner: <\/b>Cette me\u0301thode pourrait nous aider a\u0300 mieux comprendre les phages et, par exemple, a\u0300 trouver des phages capables de rendre les bacte\u0301ries plus sensibles aux antibiotiques. La synergie entre les phages et les antibiotiques pourrait e\u0302tre merveilleusement transformatrice, mais, franchement, nous ne comprenons pas comment elle fonctionne sur le plan me\u0301canique. Nous avons besoin de meilleurs outils pour y parvenir, et cela nous aiderait. Si nous trouvons ou concevons des phages qui agissent en meilleure synergie avec les antibiotiques, cela permettra de prolonger l’utilite\u0301 de notre pipeline d’antibiotiques chimiques existant, repoussant ainsi les sce\u0301narios les plus pessimistes de la crise de la re\u0301sistance aux antibiotiques.<\/p>\n

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