{"id":86694,"date":"2024-09-08T18:31:50","date_gmt":"2024-09-08T18:31:50","guid":{"rendered":"https:\/\/www.africa-press.net\/cotedivoire\/politique\/decouvrez-la-planete-invisible-et-pourtant-si-precieuse-des-champignons"},"modified":"2024-09-08T19:40:19","modified_gmt":"2024-09-08T19:40:19","slug":"decouvrez-la-planete-invisible-et-pourtant-si-precieuse-des-champignons","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/www.africa-press.net\/cotedivoire\/toutes-les-actualites\/decouvrez-la-planete-invisible-et-pourtant-si-precieuse-des-champignons","title":{"rendered":"D\u00e9couvrez la plan\u00e8te invisible et pourtant si pr\u00e9cieuse des champignons"},"content":{"rendered":"

Africa-Press – C\u00f4te d’Ivoire. <\/strong><\/span>Un gramme de sol contient plusieurs milliards de micro-organismes, en particulier plusieurs dizaines de millions de cellules de champignons. Visuellement, ceux-ci n’ont que peu a\u0300 voir avec les ce\u0300pes, chanterelles et autres lactaires qui sortent des sols a\u0300 l’automne. C’est que les champignons repre\u0301sentent bien plus que les 5000 tonnes cueillies tous les ans dans les fore\u0302ts et prairies franc\u0327aises.<\/p>\n

Dans la classification du vivant, on les appelle les myce\u0300tes. Depuis 1969, ils sont reconnus comme un \u00ab\u00a0re\u0300gne\u00a0\u00bb, a\u0300 l’e\u0301gal des plantes et des animaux. Mais moins de 10 % produisent des structures complexes a\u0300 pied et chapeau. La plupart des champignons sont en re\u0301alite\u0301 microscopiques, a\u0300 l’e\u0301chelle de la cellule pour les levures par exemple. Et tre\u0300s mal connus ! Jusqu’ici en tout cas, car le premier \u00ab\u00a0Atlas franc\u0327ais des champignons du sol\u00a0\u00bb vient tout juste d’e\u0302tre publie\u0301 (e\u0301d. Biotope).<\/p>\n

C’est une fide\u0300le photographie du monde de la \u00ab\u00a0fonge\u00a0\u00bb que viennent en effet de fournir les spe\u0301cialistes de l’e\u0301cologie microbienne des sols des laboratoires d’agroe\u0301cologie de l’Institut national de recherche sur l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (Inrae) de Dijon et de la surveillance des sols de l’Inrae d’Orle\u0301ans. Cette somme de\u0301taille la densite\u0301 et la diversite\u0301 des 270 ordres (en l’e\u0301tat actuel des connaissances puisqu’on en de\u0301couvre de nouveaux tous les mois) qui composent le re\u0300gne des myce\u0300tes. Et l’une comme l’autre sont exceptionnelles, si bien que selon les dernie\u0300res e\u0301valuations, le sol renferme 59 % de la biodiversite\u0301 totale de notre plane\u0300te.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Les strate\u0301gies de reproduction et de dispersion des champignons sont aussi diverses qu’inge\u0301nieuses\u00a0\u00bb<\/b><\/p>\n

Le ro\u0302le des champignons est essentiel: recyclage de la matie\u0300re organique, stabilite\u0301 de la structure des sols, de\u0301veloppement des plantes, re\u0301ge\u0301ne\u0301ration de la fertilite\u0301, de\u0301pollution… Sans cet univers dont l’astrophysicien Hubert Reeves disait qu’il e\u0301tait plus divers, riche et abondant que toutes les e\u0301toiles du ciel, il n’y aurait tout simplement pas de vie sur cette plane\u0300te.<\/p>\n

\u00ab\u00a0Sexue\u0301es, asexue\u0301es, me\u0301lange des deux, les strate\u0301gies de reproduction et de dispersion des champignons sont aussi diverses qu’inge\u0301nieuses, rappelle Philippe Silar, professeur de ge\u0301ne\u0301tique et de mycologie a\u0300 l’Universite\u0301 Paris Cite\u0301. Et ils produisent par milliards des spores qui n’ont pas d’autre fonction que la dispersion. \u00a0\u00bb En moyenne, chaque me\u0300tre cube d’air de l’atmosphe\u0300re contient 20.000 spores !<\/p>\n

L’ensemble des milieux terrestres est donc colonise\u0301 par des milliers d’espe\u0300ces invisibles qui s’adaptent au climat, a\u0300 la composition ge\u0301ochimique du sol, aux plantes de\u0301ja\u0300 pre\u0301sentes et aux perturbations que les terrains peuvent connai\u0302tre, comme le labour. Et leurs modes de vie sont tre\u0300s diffe\u0301rents. Les mycorhiziens ont besoin des plantes pour entamer une symbiose, ou\u0300 le ve\u0301ge\u0301tal fournit les sucres obtenus par photosynthe\u0300se contre des e\u0301le\u0301ments mine\u0301raux et de l’eau que le champignon peut aller chercher beaucoup plus loin dans le sol que les racines. Les saprophytes vivent, eux, de la de\u0301gradation de la matie\u0300re organique et du bois. Les champignons aident les plantes a\u0300 vivre et a\u0300 mourir…<\/p>\n

La ge\u0301nomique a re\u0301volutionne\u0301 l’observation des sols<\/b><\/p>\n

Difficile donc d’appre\u0301hender la grande biodiversite\u0301 et l’abondance de ces milliards de myce\u0301liums, ces filaments de quelques dizaines de microme\u0300tres qui colonisent les premiers centime\u0300tres des sols. Pour arriver a\u0300 un atlas, il a fallu la conjonction de deux facteurs. Le premier, ce sont les progre\u0300s immenses accomplis dans les technologies au service de la science. \u00ab\u00a0La ge\u0301nomique a comple\u0300tement re\u0301volutionne\u0301 l’observation des sols, a rappele\u0301 Francis Martin, chercheur e\u0301me\u0301rite a\u0300 l’Inrae de Nancy, lors de la pre\u0301sentation de l’atlas au Muse\u0301um national d’histoire naturelle, a\u0300 Paris. Avec le se\u0301quenc\u0327age d’un type d’ADN extrait du sol, l’ADN ribosomique ou ADNr, il est possible d’inventorier les espe\u0300ces pre\u0301sentes et leur abondance sans alte\u0301rer l’e\u0301cosyste\u0300me. De\u0301sormais, en se\u0301quenc\u0327ant les ADNr, on peut savoir qui est pre\u0301sent, et en se\u0301quenc\u0327ant les ARN messagers, on peut mesurer l’expression de leurs ge\u0300nes, c’est-a\u0300-dire leur activite\u0301. \u00a0\u00bb<\/p>\n

Ces ADN peuvent ainsi e\u0302tre compare\u0301s avec les 5000 ge\u0301nomes de champignons se\u0301quence\u0301s (sur 100.000 de\u0301crits par la science) qui sont en acce\u0300s libre au Joint Genome Institute (JGI) du de\u0301partement de l’E\u0301nergie des E\u0301tats-Unis. Avant la re\u0301volution ge\u0301nomique, les chercheurs en e\u0301taient re\u0301duits a\u0300 des analyses tre\u0300s vagues d’e\u0301chantillons de sols pre\u0301leve\u0301s par des tarie\u0300res qui de\u0301truisaient les fins re\u0301seaux des myce\u0301liums.<\/p>\n

Le deuxie\u0300me facteur, c’est la cre\u0301ation en 2000 du Re\u0301seau de mesures de la qualite\u0301 des sols (RMQS). Ce re\u0301seau constitue une structure unique au monde de surveillance de la couche superficielle de la terre de France. L’Hexagone a ainsi une responsabilite\u0301 particulie\u0300re: il ne repre\u0301sente que 0,3 % de la surface terrestre mais son territoire est le troisie\u0300me au monde pour son he\u0301te\u0301roge\u0301ne\u0301ite\u0301 environnementale (derrie\u0300re la Chine et le Bre\u0301sil) avec 18 grands types de sols, huit climats et une immense varie\u0301te\u0301 d’occupation des terres.<\/p>\n

Pour prendre en compte toute cette richesse pe\u0301dologique, l’atlas distingue dix types d’habitat fongique, des sols tre\u0300s acides des fore\u0302ts sous climat oce\u0301anique aux sols alcalins de grandes cultures, vignes et vergers sous climat me\u0301diterrane\u0301en. Tous les sols ont re\u0301ve\u0301le\u0301 la pre\u0301sence de champignons.<\/p>\n

Les scientifiques ont d’abord cherche\u0301 a\u0300 estimer la densite\u0301 en myce\u0301lium a\u0300 partir du nombre de copies d’ADN extrait de chaque placette du RMQS. \u00ab\u00a0La densite\u0301 moyenne dans les sols franc\u0327ais est de 320 millions de copies d’ADNr par gramme de sol [et autant d’individus, ndlr] , re\u0301ve\u0300le Christophe Djemiel, l’un des six auteurs et coordinateur de l’atlas. Cependant, de fortes disparite\u0301s peuvent e\u0302tre observe\u0301es, allant de 3,1 millions a\u0300 1,5 milliard de copies d’ADNr par gramme de sol. \u00a0\u00bb Ces valeurs extre\u0302mes proviennent de sols forestiers: en Gironde pour la plus faible densite\u0301, et dans le de\u0301partement du Gard pour la plus e\u0301leve\u0301e.<\/p>\n

Un maillage fin du territoire<\/b><\/p>\n

Depuis 2000, le Re\u0301seau de mesures de la qualite\u0301 des sols (RMQS) est constitue\u0301 de 2240 sites permettant de couvrir le territoire franc\u0327ais, selon une maille de 16 km de co\u0302te\u0301. Ces placettes sont visite\u0301es tous les quinze ans pour en suivre l’e\u0301volution. La deuxie\u0300me campagne de pre\u0301le\u0300vement est donc en cours. L’analyse porte sur les proprie\u0301te\u0301s physiques, chimiques et biologiques des sols. Une premie\u0300re campagne a de\u0301ja\u0300 permis de de\u0301crire les contaminations de neuf polluants me\u0301talliques comme le cadmium, le cobalt ou encore le cuivre. Le RMQS a e\u0301galement permis d’e\u0301tablir qu’en France, les 30 premiers centime\u0300tres de sol recelaient 3,2 milliards de tonnes de carbone provenant de la de\u0301composition des ve\u0301ge\u0301taux. Pour suivre l’e\u0301volution des sols, l’Inrae d’Orle\u0301ans est charge\u0301 de conserver les e\u0301chantillons en chambres froides. Elles abritent aujourd’hui 30 tonnes de terres diverses.<\/p>\n

Une plus forte densite\u0301 fongique dans les sols forestiers<\/b><\/p>\n

La densite\u0301 fongique maximale correspond a\u0300 des sols de texture argileuse et e\u0301quilibre\u0301e, riches en matie\u0300re organique facilement de\u0301composable. \u00ab\u00a0Les sols sous couvert forestier et les sols de prairie, repre\u0301sentant des e\u0301cosyste\u0300mes naturels et semi-naturels, he\u0301bergent en moyenne une plus forte densite\u0301 de champignons que ceux sous grandes cultures ou vignes et vergers \u00ab\u00a0, poursuit Christophe Djemiel. Ceci peut s’expliquer en partie par des teneurs plus e\u0301leve\u0301es en carbone organique dans les sols de prairie et de fore\u0302t par rapport aux sols de grande culture ou de vigne et verger.<\/p>\n

Certaines pratiques agricoles nuisent a\u0300 leur abondance. Il en est ainsi du travail intensif du sol qui de\u0301truit les habitats des champignons ; de la fertilisation par des engrais chimiques au de\u0301triment d’apports organiques ; de l’ajout de pesticides comme les antifongiques. On trouve e\u0301galement moins de champignons quand il n’y a pas de couverture ve\u0301ge\u0301tale permanente, par exemple dans les vignes non enherbe\u0301es.<\/p>\n

Davantage d’espe\u0300ces dans les terres de grandes cultures<\/b><\/p>\n

Mais la quantite\u0301 n’est pas le seul crite\u0300re d’importance: la diversite\u0301 l’est tout autant. Les espe\u0300ces sont regroupe\u0301es en unite\u0301s taxonomiques ope\u0301rationnelles (UTO), c’est-a\u0300-dire des assemblages de classes de champignons. Les chercheurs ont ainsi diffe\u0301rencie\u0301 plus de 136.000 UTO diffe\u0301rentes ! En moyenne sur chaque site, ils ont trouve\u0301 1454 classes. Les terres des vignes et vergers ainsi que celles des fore\u0302ts sont moins varie\u0301es que celles des prairies et de grandes cultures.<\/p>\n

\u00ab\u00a0A\u0300 cela, une raison: les sols qui subissent peu ou pas de perturbations humaines sont stables et pre\u0301sentent donc un nombre limite\u0301 de niches e\u0301cologiques, tandis que les sols mode\u0301re\u0301ment perturbe\u0301s fournissent des lieux de vie tre\u0300s diffe\u0301rents qui favorisent l’installation d’un plus grand nombre d’espe\u0300ces \u00ab\u00a0, pre\u0301cise Lionel Ranjard, directeur de recherche a\u0300 l’Inrae Dijon. Mais une trop forte perturbation comme les labours, le maintien des sols sans couvert ve\u0301ge\u0301tal et l’usage des antifongiques font que les vignes pre\u0301sentent la plus faible biodiversite\u0301.<\/p>\n

Quelles sont ces classes ? Parmi les innombrables qui caracte\u0301risent les champignons, en voici trois exemples. Les sordariomyce\u0300tes sont des ascomyce\u0300tes, c’est-a\u0300-dire qu’ils se reproduisent a\u0300 partir de petits re\u0301servoirs a\u0300 spores, les asques. Ce sont des myce\u0301liums filamenteux que l’on retrouve dans la totalite\u0301 des sols franc\u0327ais, et malheureusement pour l’essentiel dans les terres de grandes cultures, de vignes et de vergers. Car dans cette classe, on trouve les Fusarium responsables de la fusariose, maladie affectant les ce\u0301re\u0301ales, Claviceps purpurea ou \u00ab\u00a0ergot de seigle\u00a0\u00bb producteur de l’acide lysergique, principe actif du LSD, ou encore Ophiostoma ulmi, responsable de la graphiose qui a quasiment fait disparai\u0302tre l’orme du paysage franc\u0327ais au 20e sie\u0300cle. En moyenne, 17 % des ADN retrouve\u0301s dans les sols franc\u0327ais appartiennent aux sordariomyce\u0300tes.<\/p>\n

Une symbiose entre myce\u0301liums filamenteux et algues<\/b><\/p>\n

Les tremellomyce\u0300tes sont quant a\u0300 eux des levures, c’est-a\u0300-dire des champignons unicellulaires dont l’un des repre\u0301sentants emble\u0301matiques est Cryptococcus, responsable de la cryptococcose, la premie\u0300re affection fongique au monde touchant les animaux en ge\u0301ne\u0301ral, et les humains en particulier (me\u0301ningite a\u0300 cryptocoque). Ils sont pre\u0301sents dans tous les sols de France, mais plus abondants dans ceux de grandes cultures. Ils repre\u0301sentent en moyenne 11,79 % des populations. Enfin, les glome\u0301romyce\u0300tes sont, eux aussi, pre\u0301sents partout, et c’est heureux. Ces myce\u0301liums filamenteux tre\u0300s rustiques sont vraisemblablement ceux qui ont aide\u0301 les algues a\u0300 conque\u0301rir les continents, en les aidant par mycorhize a\u0300 trouver les e\u0301le\u0301ments mine\u0301raux pre\u0301sents dans le sol, il y a environ 500 millions d’anne\u0301es.<\/p>\n

Cet atlas ouvre d’immenses perspectives. \u00ab\u00a0On sait de\u0301sormais ou\u0300 se trouvent les diffe\u0301rentes classes de champignons, la prochaine e\u0301tape sera de caracte\u0301riser leurs fonctions \u00a0\u00bb ambitionne Francis Martin. L’objectif est de comprendre la vie intime des habitants du sol, leurs ro\u0302les respectifs dans la fertilite\u0301 de la couche ultime de la crou\u0302te terrestre, les interactions entre les pathoge\u0300nes et leurs pre\u0301dateurs. Pour, in fine, donner naissance a\u0300 un usage raisonne\u0301 et respectueux de la terre nourricie\u0300re.<\/p>\n

La liste rouge des champignons en voie de disparition<\/b><\/p>\n

Soixante ans apre\u0300s la premie\u0300re liste rouge des espe\u0300ces menace\u0301es de l’Union internationale de conservation de la nature (UICN) consacre\u0301e aux mammife\u0300res, les champignons ont eu droit a\u0300 leur premie\u0300re e\u0301valuation franc\u0327aise, symbole du de\u0301sinte\u0301re\u0302t pour ce re\u0300gne. Publie\u0301 en mai, ce travail mene\u0301 par l’UICN et le Muse\u0301um national d’histoire naturelle s’est penche\u0301 sur le sort de 319 espe\u0300ces de bolets, de lactaires et de tricholomes que l’on trouve a\u0300 l’automne principalement dans nos fore\u0302ts. Douze espe\u0300ces ont e\u0301te\u0301 conside\u0301re\u0301es comme menace\u0301es et 16 quasi menace\u0301es.<\/p>\n

C’est le cas du lactaire jaune et lilas Lactarius flavopalustris, au chapeau modeste de 3 a\u0300 5 cm de diame\u0300tre, qu’on ne trouve que dans une tourbie\u0300re du Jura et au bord d’un ruisselet des Alpes. Mais a\u0300 cet endroit, l’espe\u0300ce n’a plus e\u0301te\u0301 revue depuis 2000 du fait d’un terrassement pour une piste de ski. Le bolet de plomb Imperator torosus, qui croi\u0302t sous les he\u0302tres et les che\u0302nes en sol drainant, se fait plus rare du fait de l’exploitation forestie\u0300re. Le tricholome e\u0301questre des che\u0302nes Tricholoma chrysophyllum n’est plus pre\u0301sent que sur quatre sites, apre\u0300s qu’une coupe rase d’une pine\u0300de a de\u0301truit l’une de ses dernie\u0300res placettes.<\/p>\n

Ainsi, la destruction de leur habitat, notamment forestier, et le changement climatique expliquent ces risques de disparition. Mais, l’UICN le reconnai\u0302t, les donne\u0301es sont insuffisantes et ne refle\u0300tent pas l’e\u0301tat actuel des populations de champignons. D’autant qu’aucune espe\u0300ce ne fait l’objet d’un programme de conservation et de protection.<\/p>\n

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Africa-Press – C\u00f4te d’Ivoire. Un gramme de sol contient plusieurs milliards de micro-organismes, en particulier plusieurs dizaines de millions de cellules de champignons. Visuellement, ceux-ci n’ont que peu a\u0300 voir avec les ce\u0300pes, chanterelles et autres lactaires qui sortent des sols a\u0300 l’automne. 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