Africa-Press – Guinee Bissau. Dans les quelque 60 à 80 mètres carrés de surface pulmonaire, organisées en bronches, bronchioles et alvéoles, résident des centaines de milliers de microorganismes qui influent sur la santé des poumons en stimulant le système immunitaire. Ce microbiote pulmonaire commence tout juste à être exploré car “on a longtemps cru que les poumons étaient stériles”, signale Carmen Buchrieser qui dirige l’unité Biologie des bactéries intracellulaires à l’Institut Pasteur.
“Aujourd’hui, on commence à étudier son rôle dans certaines pathologies comme les cancers, la mucoviscidose ou les maladies chroniques telles que la bronchopneumopathie obstructive. Mais rarement dans le cas des infections aiguës”, précise-t-elle. C’est pour mieux comprendre cet impact qu’elle a mené une étude sur 38 patients hospitalisés atteint de légionellose, une infection respiratoire grave due à une bactérie, Legionella pneumophila, présente dans les eaux douces et tièdes.
Une baisse de la diversité du microbiote
La légionellose est particulièrement grave chez les personnes âgées et les patients souffrant de troubles de l’immunité ou de pathologies pulmonaires sous-jacentes. Néanmoins, certains cas semblent plus sévères que d’autres sans que les médecins sachent réellement pourquoi. Ce sont ces cas graves, hospitalisés et parfois nécessitant une assistance ventilatoire que Carmen Buchrieser a exploré. Pour avoir une image du microbiote pulmonaire, la chercheuse a utilisé des prélèvements issus d’aspirations trachéales et de broncho-lavages pulmonaires, deux procédures invasives rendues nécessaires par l’état clinique des patients. L’équipe de Pasteur a utilisé le séquençage à haut débit des gènes, associé à une approche de quantification, pour caractériser l’évolution du microbiome des voies respiratoires des patients au cours de l’infection.
“Nous avons observé une baisse de la diversité des microorganismes et une colonisation forte par la bactérie Legionella pneumophila, au début de l’hospitalisation. Après le traitement, qui associe classiquement deux antibiotiques, Legionella disparaît mais les niches vidées sont rapidement occupées par de nouvelles bactéries opportunistes et souvent résistantes aux antibiotiques”, explique la chercheuse. Un élément qui devrait être pris compte dans les stratégies de prévention des infections secondaires, estime-t-elle.
Vers un marqueur de la gravité de l’infection ?
De plus, les chercheurs ont pu évaluer la biomasse du microbiote et ont constaté, d’abord, que la biomasse de Legionella est en corrélation avec la gravité de la maladie et son évolution. De même, après l’infection initiale, les voies respiratoires ayant les charges bactériennes et fongiques les plus élevées présentaient une diversité plus faible et un enrichissement en agents pathogènes. La mesure de la biomasse pourrait donc s’avérer être un bon marqueur de la gravité d’une légionellose et du risque de développer une infection secondaire.
Enfin, l’étude, publiée dans Cell Reports Medicine, a révélé qu’outre des bactéries, de nombreux autres microorganismes tels que des champignons, des archées ou des protozoaires résident dans les poumons des personnes hospitalisées. “Comme pour les autres organes, les intestins, la peau ou les muqueuses, on se rend compte que le microbiote pulmonaire joue un rôle important sur l’évolution de certaines pathologies. Il est important de continuer à étudier les germes pathogènes mais nous devons également analyser le microbiote des personnes saines. Dans un futur, encore éloigné, des traitements existeront peut-être qui influeront sur ce microbiote afin de le rendre plus efficace contre les infections”, conclut la spécialiste.
Pour plus d’informations et d’analyses sur la Guinee Bissau, suivez Africa-Press
