Africa-Press – Congo Brazzaville. C’était l’été 2022, les beaux jours revenaient et on commençait à peine à profiter de l’accalmie de la pandémie de Covid-19, qu’une nouvelle frayeur a parcouru le monde entier.
Près de 100.000 cas déclarés de variole du singe
Une flambée de cas de variole du singe qui a surpris l’Europe et le reste du monde par sa vitesse de propagation, montrant une capacité de transmission accrue (au point que même les animaux de compagnie ont été infectés). La vaccination des cas contacts a permis de contrôler l’épidémie, mais les raisons de cette transmissibilité accrue n’ont pas encore été élucidées.
Certes, des études ont montré que le virus responsable de cette maladie mutait plus vite, ce qui pourrait expliquer une évolution plus rapide. Cependant, les mutations spécifiques qui auraient octroyé au pathogène ses superpouvoirs de transmission n’ont pas été identifiées. Une étude publiée le 18 avril 2024 dans la revue Nature Communications a repéré enfin quelques mutations candidates, localisées dans des régions du génome viral peu étudiées auparavant.
Cette flambée de 2022 a fait exploser le nombre de cas dans le monde entier, atteignant près de 100.000 cas déclarés dans 118 pays. La grande majorité de ces cas ont été infectés par des virus Mpox (Orthopoxvirus simien, de la famille des Poxviridae) du clade II, pourtant réputé moins transmissible que ceux du clade I. Le génome de ce virus consiste d’une double hélice d’ADN d’environ 197.000 paires de bases, dont environ 200 gènes codant pour des protéines.
Un virus qui sait comment s’adapter
Ce virus à ADN a plusieurs stratégies d’évolution en cas de stress. D’abord, il a la possibilité de dupliquer ces gènes afin d’y permettre davantage de mutations. Ensuite, les copies avec des mutations avantageuses sont gardées et les autres sont éliminées. Une autre possibilité est de décaler tous les acides nucléiques (A, G, C, T, les briques qui forment l’ADN) d’un gène en y ajoutant un nouvel acide nucléique (ou en enlevant un déjà là).
Ces ajouts ou délétions surviennent fréquemment dans des régions du génome formées par des répétitions d’acides nucléiques (AAAAA par exemple), qui peuvent ainsi s’allonger ou raccourcir, comme un accordéon génomique. Ces régions sont souvent à l’extérieur de la partie codante des gènes, mais leur rallongement peut pousser le reste d’acides nucléiques, y compris ceux des gènes, modifiant les codons (groupement de trois acides nucléiques qui correspondent à un acide aminé, les briques des protéines). Ce qui peut rallonger ou raccourcir la protéine, ou entrainer l’activation ou l’extinction de son expression.
L’adaptation du virus probablement due à ces accordéons génomiques
Les chercheurs ont séquencé entièrement le génome viral retrouvé chez 46 patients infectés durant la flambée de 2022. Ils y ont identifié une cinquantaine de mutations dans les gènes du virus par rapport aux souches du virus existantes avant cette hausse de cas (une à deux mutations par patient). Environ la moitié de ces mutations étaient non-synonymes, c’est-à-dire qu’elles modifient l’acide aminé codé par le codon (le groupe de trois acides nucléiques) et donc ont un impact sur la séquence protéique.
Mais très peu de ces mutations étaient retrouvées chez plusieurs de ces patients, donc il était peu probable qu’elles soient la raison de la haute transmissibilité observée en 2022. Le mystère restait entier.
L’analyse s’est donc portée sur des changements dans les régions avec des répétitions expliquées plus haut. Des régions peu étudiées normalement, car considérées comme peu informatives (à cause de leur nature répétitive). Les chercheurs ont mis en évidence des modifications dans des régions associées à trois gènes, qui avaient un impact direct sur leur expression. Deux d’entre elles entrainaient le rallongement des gènes OPG204 (dont la protéine détourne la réponse immunitaire de l’hôte) et OPG208 (dont la protéine évite le suicide cellulaire des cellules infectées). La troisième est localisée dans la région codante du gène OPG153, qui code pour une protéine essentielle à la sortie de nouveaux virions (les copies du virus) de la cellule infectée.
Ces trois changements pourraient avoir des conséquences directes sur les capacités de transmission du virus, et sont donc de bons candidats pour expliquer cette fameuse flambée de 2022. “Ces découvertes peuvent être les premiers indices pour nous aider à comprendre les caractéristiques uniques de ces souches associées à une meilleure transmission humain-humain, qui n’avait pas été observée avec les souches précédentes”, explique dans un communiqué le microbiologiste Gustavo Palacios, auteur de l’étude.
Il reste maintenant à confirmer si ces changements génomiques sont bien les responsables de cette capacité accrue, ce qui nous permettrait de mieux comprendre le virus et ainsi nous préparer au mieux en cas de nouvelle flambée épidémique.
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