Africa-Press – Niger. Notre corps est un écosystème qui accueille des milliards de microbes, dont une partie nous viendrait directement de notre nourriture ! Car tout ce qu’on mange a son propre microbiote, comme les pommes qui ont des millions de bactéries. Ainsi, chaque bouchée emporte aussi tout un tas de micro-organismes dans notre système digestif. Et une partie non négligeable de ces microbes issus de l’alimentation finit par rester dans notre corps. Notamment chez les enfants en bas âge, qui ont un microbiote encore immature, avec beaucoup de place libre pour de nouveaux arrivants.
Mais à quel point ces microbiotes dans notre nourriture influencent le nôtre ? Des chercheurs de l’Université de Trente en Italie ont répondu à cette question, en analysant le microbiote d’un grand nombre d’aliments et en regardant s’ils se retrouvaient aussi chez des humains qui les mangent. Leurs résultats ont été publiés le 29 août 2024 dans la revue Cell.
Le microbiote des aliments contient un grand nombre de bactéries
Les chercheurs ont “cueilli” plus de 2.500 échantillons de nourriture, venus de 50 pays de par le monde, même si la majorité provenait principalement de l’Europe et l’Amérique du Nord. Les aliments les plus représentés étaient les produits laitiers, l’alcool et autres boissons fermentées, ainsi que d’autres aliments fermentés (fruits, légumes, grains et viandes).
Ils ont séquencé la totalité des génomes qui se trouvaient dans ces échantillons alimentaires, afin d’identifier tous les microbes qui y habitent. Plus de 1.000 espèces différentes de bactéries ont été identifiées, ainsi que quelques eucaryotes tels que des levures (surtout dans les boissons fermentées).
Ces microbes suffiraient pour identifier un aliment
La diversité de ces microbiotes variait beaucoup en fonction des aliments, les plus riches en microbes étant le poisson, les racines fermentées (comme le gingembre), et la viande. Aussi, en général, les aliments non fermentés avaient une plus grande diversité bactérienne que leurs équivalents fermentés, à cause de la pression de sélection imposée par le processus de fermentation.
Cette diversité était très reproductible entre les différents échantillons d’un même aliment, permettant de les identifier. Par exemple, les chercheurs ont réussi à catégoriser 23 types de fromages différents seulement en analysant leur microbiote. Aussi, les aliments venant d’une même ferme partageaient des caractéristiques au niveau de leur microbiote qui permettaient de reconnaître leur origine.
Les auteurs proposent que l’on pourrait utiliser cette facilité à identifier les aliments et leurs origines par leur microbiote pour authentifier la nourriture en fonction de sa provenance et améliorer le contrôle qualité des aliments.
Nous partageons une partie de notre microbiote avec nos aliments
Pour comprendre à quel point les microbes de notre nourriture forment le nôtre, les chercheurs ont comparé ces microbiotes à ceux de 20.000 échantillons humains de microbiote intestinal (les microbes dans nos intestins) ou buccal (ceux dans notre bouche), provenant d’une quarantaine de pays. Environ 400 espèces de micro-organismes des aliments étaient aussi détectées chez des humains, principalement dans leur microbiote intestinal.
Leur contribution à notre microbiote a été évaluée à environ 3 % chez les adultes, c’est-à-dire que 3 % de notre microbiote viendrait directement de notre alimentation. Une proportion qui augmentait à 5 % chez les seniors, et jusqu’à 56 % chez les bébés !
Le plus probable est que ces microbes nous viennent directement de la nourriture
Les bactéries provenant des aliments les plus présentes chez les humains étaient les bactéries lactiques, telles que Lactococcus lactis, suivies de Limosilactobacillus fermentum (fréquents dans les aliments fermentés), et Escherichia coli, dont la majorité des souches ne sont pas nuisibles, mais certaines peuvent causer des intoxications alimentaires. En général, les souches de ces bactéries étaient les mêmes chez les humains et les aliments, il est donc probable que cette nourriture soit la source de ces microbes, qui ont colonisé nos intestins après les avoir mangés.
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