Africa-Press – Benin. « J’ai été extrêmement surpris par la richesse des relevés », confie David Duffy. Avec son équipe, le généticien de l’université de Floride (Etats-Unis) a prélevé des échantillons d’ADN dans l’air, dans des sites divers, en vue de faire un état des lieux des informations qu’il est possible d’en tirer. Les êtres vivants rejettent continuellement de l’information génétique dans l’environnement. Comment les exploiter?
Dans cette étude novatrice, David Duffy et ses collègues ont tenté de séquencer l’ensemble de l’ADN récolté dans leurs échantillons, puis de faire correspondre les séquences obtenues avec des bases de données via un important traitement informatique. Une approche inédite dans l’étude de l’ADN environnemental de l’air pour laquelle la recherche avait jusqu’à présent privilégié des méthodes d’analyse moins lourdes.
« L’ADN est d’une si bonne qualité qu’il permet d’obtenir énormément d’informations »
Le résultat est déconcertant: « L’ADN est d’une si bonne qualité qu’il permet d’obtenir énormément d’informations sur les écosystèmes, à différentes échelles », explique David Duffy. Les chercheurs sont non seulement parvenus à identifier plus d’un millier d’espèces par échantillon (probablement la majorité des espèces autour du lieu de prélèvement, estiment les auteurs), mais ils ont également obtenu le génome complet de certains organismes. Le niveau de détail est tel qu’il est possible d’observer la diversité génétique d’une population, de repérer des mutations particulières – par exemple des marqueurs de résistance ou des adaptations locales – et même d’esquisser une structure des populations.
« Avant que l’on puisse exploiter l’ADN environnemental, la seule façon d’évaluer la biodiversité était de faire appel à d’importantes équipes aux expertises diverses et il fallait beaucoup de temps, s’enthousiasme David Duffy, cette analyse peut désormais se faire en moins de deux jours par un seul spécialiste. » Un délai appelé à diminuer avec les progrès du séquençage génétique et de la puissance de calcul des data centers.
Un cadre réglementaire à mettre en place
Ces travaux soulèvent cependant des questions éthiques majeures. Car si l’analyse de l’ADN de l’air est un formidable outil de recension du vivant, les êtres humains n’en sont pas exclus. Dans un échantillon récolté dans l’air de Dublin, en Irlande, les chercheurs ont par exemple pu identifier des signatures génétiques suffisamment précises pour renseigner sur l’origine des populations sur le territoire. Un cadre réglementaire paraît urgent à mettre en place.
Pour en savoir plus sur la méthode de séquençage et les possibilités offertes par l’ADN environnemental de l’air, nous vous invitons à lire l’article de La Recherche.
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